小智(松本莉香 配音)来自真新镇,他的目标是要成为奇巧宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天,因为迟到,他并没有拿到初始的小精灵。大木博士(石冢运昇 配音)见状,便送了一只不愿进精灵球和非常顽皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是,他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程真正的勇士,敢于直面惨淡的人生,敢于正视淋漓的鲜血。
在旅途中,他们的之间的隔阂逐渐打破,并认识了同行的伙伴诚子(佐藤刊里 配音)与宗次(本乡奏多 配音),并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引导,见到凤王的人,就会成为彩虹勇士...”
本部剧场版是《奇巧宝贝》动画系列的第二十部电影。该部电影的剧情是系列动画第一集《奇巧宝贝!就决定是你了!》的改编,描述小智与皮卡丘踏上成为宝可梦大师的冒险之旅。